南陽市審計局各內設機構的職責明確，協同工作，確保審計工作的順利進行。
一、辦公室負責處理機關的日常政務，包括文件起草、會議組織、宣傳信息等，并承擔審計局機關及下屬單位的財務監督工作，同時協調特約審計員的相關工作。
二、法制科主要職責是制定審計工作方針和規章，研究財政經濟法規，監督審計業務質量，審核審計報告，并處理審計行政復議和訴訟事務，同時開展審計普法教育。
三、財政金融審計科專注于市級預算執行情況審計，審計地方稅務、國庫以及縣市區的預算管理，同時對相關金融機構的資產和負債進行審計。
四、行政事業審計科則審計與財政有撥繳款關系的機關和社會團體的財務，以及市部門下屬單位的財務收支，涉及行業審計和專項資金審計。
五、經貿審計科負責市部門及其下屬企業的財務審計，以及國有重點企業的監督審計，同時組織內部審計指導和專項審計調查。
六、農業與資源環保審計科專注于農業與資源環保部門的資金審計，以及縣市區相關資金的專項審計。
七、社會保障審計科則負責社保基金和福利資金的審計，開展專項審計工作。
八、固定資產投資審計科對重點建設項目進行預（概）算和決算審計，監督市直單位的建設項目。
九、外資運用審計科專門審計國際貸款項目，負責中外合資企業的審計，并開展專項審計調查。
十、人事科（紀檢組）主要從事人事管理、機構編制、教育培訓以及黨風廉政建設和違紀案件查處等工作。
南陽市財政局和南陽市民政局的機構設置也各具特色。南陽市財政局的各部門各司其職，從金融貿易到預算、國庫、行政政法、農業、農村綜合改革、會計、債務、國資等多個領域都有精細的劃分。而南陽市民政局的機構設置則主要涉及社會事務的管理和服務，包括辦公室、人事科等各部門。
財務規劃與管理部：負責民政事業及行政經費的監管，統籌基建、物資及技術改造計劃，管理資產，擬定并執行財務規章制度，實施審計監督以及民政統計工作。
機關黨委事務部：承擔局機關及其直屬單位的黨群工作，專注于黨的建設以及各類群團活動的開展。
基層政權與社區建設科：調研基層政權構建情況，組織優秀鄉鎮和村委會評選，培訓鄉鎮長及村主任，指導社區服務和組織建設，并監督地名管理工作。
地理區劃與地名科：制定地名管理文件，研究地理行政區劃，負責區域調整及地名管理工作，確保法規執行，參與全國地名標準化進程。
民間組織管理署：制定社團相關法規，審批、登記并監管全市性及跨區域社團，查處社團及民辦非企業單位的違規行為。
社會福利與社會事務部：制定婚姻、兒童收養、殯葬等政策規定，指導登記工作，推動殯葬改革，協助社會福利機構和殘疾人特教康復工作。
福利生產指導辦公室：負責殘疾人就業及技術改造工作的指導。
*事務科：承擔機關*的管理服務工作。
信訪接待部：處理群眾來信來訪，收集建議和問題，綜合分析信息，協調解決重大問題，并指導全系統的信訪工作。
紀律檢查與監察室：負責查處違紀違法案件，協助黨風廉政建設，受理舉報和申訴。
優待撫恤部：負責擁軍優屬、撫恤優待工作，管理烈士紀念設施，并指導雙擁活動。
軍隊離退休干部安置署：接收并安置軍隊離退休干部，指導相關休養所的管理工作。
退役軍人安置科：負責退役士兵和軍隊復員干部的安置工作，制定相關接收安置政策和管理措施。
救災與救濟科：制定救災政策，管理救災款物，指導生產自救和社會救濟活動。
低保管理中心（部）：實施城鄉*生活保障制度，指導農村五保供養和敬老院工作，并組織開展醫療救助。
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