物流供應鏈負責連接供應商和用戶，是跨境電商供應鏈中關鍵的通路環節，也是目前壁壘最高的環節，包括倉儲、物流、清關等環節。在這其中，技術、資金、政府資源都扮演著重要的角色。
不少從業者認為，物流環節是跨境電商的*掣肘，如何能打通從海外供應商到國內用戶之間的物流通路，使中間的環節盡量減少、信息盡量通暢，從而提高效率，是所有跨境電商都要面對的難題。
一直以來，跨境物流解決方案有兩種：轉運和直郵，而轉運又分為海外倉轉運和保稅倉轉運。其中，通過海外倉集貨再轉運回國的方式時間周期長且不可控，再加上中間經歷的環節眾多，錯單、丟單等問題也更容易發生。而直郵雖然運輸的速度快、點對點的物流也將通路中的環節*限度減少，但零散的直郵貨品的清關效率卻普遍較低，而且單件貨物的物流成本非常高。
雖然海外轉運和直郵的物流解決方案仍在大范圍使用，但隨著各地保稅倉的興起，目前最“炙手可熱”的物流解決方案是將貨品郵寄至國內保稅倉，再由保稅倉清關入境，并通過國內物流送至用戶手中。
無論是電商還是O2O，談及物流必會提到“要把模式做重”。雖然都知道自建物流能讓供應鏈更可控，在用戶體驗上勝出，然而并非所有的跨境電商平臺都有這樣的資金實力。
目前，跨境電商在境外物流環節有幾種做法：電商平臺與第三方物流服務提供商合作，類似淘寶與“四通一達”之間的合作;只做跨境供應鏈中的物流環節，用技術系統優化現有物流服務的效率水平，如笨鳥海淘;電商平臺自建物流系統，如洋碼頭的貝海國際;從自有物流資源(航運、海運資源等)切入跨境運輸，如順豐、韻達等。
其中，前兩種做法比較輕。平臺在跨境運輸資源上采取與第三方專業運營商合作的方式，包括FedEx、DHL、順豐等，平臺自身則是在此基礎上通過自建信息系統和技術系統的方式打通海外倉儲、物流、清關等各個環節，一方面監控整個物流環節，另一方面則通過讓各環節信息對接和流通更順暢來提高整個物流流程的效率。
但一些從業者認為做到這樣還不夠，在跨境這樣一個場景下，只有把物流環節做重才能保障用戶的體驗。因此，洋碼頭自營的貝海國際從一開始便介入境外的干線運輸環節和跨境的海運、航運環節。一方面建立自己的貨運車輛體系增強攬貨能力、保證與航運的交付都能按時完成;另一方面通過靈活的安排航班發貨來平衡物流的速度和成本。近期，從物流業務管理工具切入、整合現有物流資源的第三方轉運物流服務商笨鳥海淘也表示要開始往重資產方向傾斜，加大對空運、清關環節的優化，并在各國建立干線運輸網絡。
值得一提的是，各跨境電商平臺都在加強對清關環節的優化，積極與海關的清關系統做對接，希望改變人工操作的傳統方式，通過電子清關提高效率。對于擁有國內保稅倉的B2C平臺來說，當平臺上出現一筆訂單后，該筆訂單的商品信息就由系統直接對接至海關的清關系統，完成電子清關。對于那些采用直郵方式的商品來說，在商品發出之前提前報關更是提升效率的關鍵。而洋碼頭在清關環節的介入更深，它通過自有人員陪同整個清關過程，在清關環節形成封閉通道，避免換貨、掉包等情況的出現。
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